Как вакцина и антибиотики вместе вывели в Японии собственный штамм пневмококкаУтренние #NEWS
Пневмококк различают по серотипам — типу капсулы, их известно 108. Конъюгированные вакцины нацелены именно на капсулу. После внедрения 7-валентной вакцины во всем мире произошло замещение серотипов: вакцинные ушли, их место занял не входивший в вакцину серотип 19A. Но в большинстве стран это была линия ST320, а в Японии другая — ST2331.
Японские ученые отсеквенировали геномы 42 изолятов, собранных в 18 префектурах с 2004 по 2017 год, и сравнили с 825 родственными изолятами из 26 стран.
🔬 ST2331 оказался родственником глобального клона PMEN34 (серотип 12F-ST218), известного с 1988 года. Но японская линия образует отдельный кластер: ближайший зарубежный родственник отстоит на 147 SNP, что слишком много для недавнего завоза
🔬 Серотип 19A в этой родственной группе есть только в Японии. Среди 825 зарубежных изолятов — ни одного
🔬 Значит, произошла смена серотипа: бактерия через рекомбинацию получила гены другой капсулы, оставшись прежней по геному. Как будто сменила одежду, чтобы вакцина ее не узнала
🔬 83,3% японских изолятов устойчивы к эритромицину, тогда как за рубежом гены макролидной устойчивости нашли лишь у 14,7%. К бета-лактамам устойчивость редкая: пенициллин 2,4%, меропенем 0%
🔬 Внутри устойчивого субклона разнообразие крайне низкое — в среднем 12,2 SNP между изолятами со всей страны. Общий предок датирован 1998 годом.
Картина сложилась такая: капсулу 19A клон получил случайно, но дальше сработали два преимущества. Сама капсула дешевле обходится бактерии, толще, хуже поддается фагоцитозу и лучше прилипает к эпителию. И макролидная устойчивость — при том что доля макролидов в потреблении антибиотиков в Японии исторически выше, чем в Евросоюзе, и активно они применяются как раз с 1990-х.
То есть вакцина расчистила нишу, а антибиотики определили, кто ее займет. После перехода на PCV13, покрывающую 19A, эту линию в 2020–2023 годах уже не находили.
⚠️
Прямого генетического предка найти не удалось, и авторы считают, что это уже невозможно. 42 изолята — немного. Отсутствие клона в 2020–2023 может отчасти объясняться тем, что во время пандемии инвазивных инфекций регистрировали мало.#ЧитаемСтатьи
Koide S. et al. Microb Genom. 2026;12(7):001808. doi: 10.1099/mgen.0.001808
