متاژنومیکس Metagenomics
متاژنومیکس به مطالعه و تحلیل مجموعه DNA موجود در یک جامعه میکروبی میپردازد؛ بدون اینکه لازم باشد هر میکروارگانیسم بهصورت جداگانه کشت و بررسی شود. با این روش میتوان ترکیب میکروبی یک نمونه و همچنین ژنها و قابلیتهای عملکردی موجود در آن جامعه را بررسی کرد.
یکی از روشهای مهم در متاژنومیکس، Shotgun Metagenomics است؛ در این روش DNA موجود در نمونه بهصورت گسترده توالییابی و سپس با ابزارهای محاسباتی تحلیل میشود.
بیوانفورماتیسینها میتوانند:🔹 کیفیت دادههای خام توالییابی را بررسی و دادههای نامناسب را فیلتر کنند
🔹 توالیها را از نظر ترکیب و تنوع میکروبی تحلیل کنند
🔹 میکروارگانیسمهای موجود در نمونه را شناسایی و طبقهبندی کنند
🔹 توالیها را مونتاژ کرده و Contig بسازند
🔹 ژنهای موجود را شناسایی و عملکرد احتمالی آنها را بررسی کنند
🔹 با روش Binning، ژنومهای میکروبی را از دادههای متاژنومیک بازسازی کنند
🔹 دادههای چند نمونه را از نظر ترکیب میکروبی و عملکردهای ژنی با هم مقایسه کنند.
یک نمونه واقعی: نشت نفت Deepwater Horizon
در جریان نشت نفت Deepwater Horizon در خلیج مکزیک، پژوهشگران با استفاده از توالییابی متاژنومیک، جامعه میکروبی رسوبات آلوده را بررسی کردند.
تحلیل دادهها نشان داد که در مناطق تحتتأثیر نفت، برخی میکروبها و ژنهای مرتبط با تجزیه هیدروکربنها افزایش یافتهاند؛ یعنی متاژنومیکس کمک کرد ظرفیت این جامعه میکروبی برای تجزیه ترکیبات نفتی بررسی شود.
پس متاژنومیکس فقط شناسایی «چه میکروبهایی وجود دارند» نیست؛ بلکه با تحلیل دادههای DNA میتوان ترکیب جامعه میکروبی، ژنهای موجود و قابلیتهای عملکردی آن را بررسی کرد.اینستاگرام | تلگرام | لینکدین | بله | درباره ما
┏━━━━━━
🆔 @UIBiologists
┗━━━━━━
