اپی‌ژنومیکس Epigenomics
اپی‌ژنومیکس به مطالعه تغییرات اپی‌ژنتیکی در سراسر ژنوم می‌پردازد؛ تغییراتی که می‌توانند بر فعالیت ژن‌ها اثر بگذارند، بدون اینکه توالی DNA تغییر کند.
برای مطالعه اپی‌ژنوم، داده‌هایی درباره متیلاسیون DNA، تغییرات هیستونی و وضعیت کروماتین به دست می‌آید. بیوانفورماتیک با پردازش و تحلیل این داده‌ها، الگوهای اپی‌ژنتیکی را شناسایی و مقایسه می‌کند و به بررسی ارتباط آن‌ها با فعالیت ژن‌ها کمک می‌کند.
بیوانفورماتیسین‌ها می‌توانند:
🔹 داده‌های خام اپی‌ژنومیک را پردازش و کیفیت آن‌ها را بررسی می‌کنند
🔹 الگوهای DNA methylation را شناسایی و بین نمونه‌ها مقایسه می‌کنند
🔹 نواحی دارای تغییرات هیستونی را بررسی می‌کنند
🔹 نواحی باز کروماتین را شناسایی می‌کنند
🔹 نواحی تنظیمی مانند promoter و enhancer را بررسی می‌کنند
🔹 داده‌های اپی‌ژنومیک را با داده‌های بیان ژن ترکیب و ارتباط میان آن‌ها را تحلیل می‌کنند
🔹 تفاوت‌های اپی‌ژنومیک بین سلول‌ها، بافت‌ها یا شرایط مختلف را شناسایی می‌کنند.
یک نمونه واقعی: سرطان ریه
در یک مطالعه روی سرطان ریه غیرکوچک‌سلولی (NSCLC)، پژوهشگران با استفاده از پروفایل‌سازی اپی‌ژنومیک، الگوهای متیلاسیون DNA را بررسی کردند. تحلیل داده‌ها چندین ناحیه با الگوهای متفاوت متیلاسیون را شناسایی کرد. در میان آن‌ها، متیلاسیون ناحیه پروموتر LRP12 با مقاومت به داروی کاربوپلاتین ارتباط داشت و این یافته در یک گروه مستقل ۳۵ بیمار نیز بررسی شد.
یک پروژه مهم: Roadmap Epigenomics
پروژه Roadmap Epigenomics با هدف ایجاد نقشه‌های مرجع از اپی‌ژنوم سلول‌ها و بافت‌های انسانی انجام شد.
در این پروژه، ۱۱۱ اپی‌ژنوم مرجع انسانی با استفاده از داده‌هایی مانند متیلاسیون DNA، دسترسی‌پذیری DNA، تغییرات هیستونی و بیان RNA بررسی شدند. تحلیل یکپارچه این داده‌ها به شناسایی نواحی تنظیمی ژنوم و بررسی ارتباط آن‌ها با فعالیت ژن‌ها و بیماری‌ها کمک کرد.
پس اپی‌ژنومیکس فقط بررسی توالی DNA نیست؛ با تحلیل داده‌های اپی‌ژنومیک می‌توان الگوهای تنظیمی ژنوم را شناسایی و ارتباط آن‌ها با فعالیت ژن‌ها و ویژگی‌های سلولی را بررسی کرد.اینستاگرام | تلگرام | لینکدین | بله | درباره ما
┏━━━━━━
🆔 @UIBiologists
┗━━━━━━
