Биолабмикс: post #476 — TG.ME

🧬 История из реальной практики Прислала одна из лабораторий‑партнеров Биолабмикса — с их разрешения делимся историей без имен, зато с деталями, в которых узнает себя любой молекулярный биолог. Делимся кейсом по оценке эффективности трех siRNA-конструкций против гена ABAT в клетках нейробластомы человека SH-SY5Y. На старте задача выглядела непросто: РНК, выделенная из клеток при помощи фенол-хлороформного метода, оказалась с низкими показателями чистоты и концентрации — A260/280 = 1,6, A260/230 = 0,6, а концентрация составила всего 10–30 нг/мкл. Именно здесь в работу включили RNAscribe RT от Биолабмикса — ревертазу, рассчитанную на сложные РНК-матрицы. Результат оказался убедительным: кДНК получилась стабильной, а последующая ПЦР дала воспроизводимые данные с минимальным разбросом между техническими репликами. "Несмотря на то, что исходная РНК была неочищенной, синтезированная кДНК показала стабильные и воспроизводимые характеристики амплификации, разброс между техническими репликами не превысил 0,25 Cq (SD)." Это позволило выбрать наиболее эффективную siRNA-конструкцию для нокдауна ABAT: • D1 — нокдаун 78%, основная конструкция; • KM — 34%, резерв; • D2 — 70%, отклонена. Такой кейс хорошо показывает, что даже в сложных условиях качество результата во многом зависит от правильно подобранных реагентов. #ферменты