.class-файл представляет собой один скомпилированный класс. Это то, что в конечном итоге исполняет Java Virtual Machine. В .class компилируется код любого JVM языка, формат входит в спецификацию и не зависит от платформы или реализации виртуальной машины. Содержимое конкретного класса просматривают утилитой javap из стандартного набора JDK. Подробно структура файла описана на википедии, в документации и во множестве статей. Файл состоит из 10 секций, которые можно условно разбить на группы:
Для внутренних классов тоже создаются отдельные файлы с названиями формата OuterClass$InnerClass.class. Если класс анонимный, вместо имени используются номера с 1.
Полезные ресурсы по Java

