پروتئین ها متنوع ترین واحد سازنده را داشته و به همین دلیل متنوع ترین ماده الی می باشند.
پروتئین ها مولکول های اطلاعاتی در یاخته بوده که در ایجاد صفات در جاندار نقش دارند.
در ساختار امینو اسید ها گروه R متفاوت بوده و ویژگی های منحصر به فرد هر امینو اسید به ان بستگی دارد.
هر امینو اسید می تواند در شکل دهی پروتئین موثر بوده و تاثیر ان به ماهیت شیمیایی گروه R بستگی دارد.
گروه فعال کربوکسیل و امین در ایجاد پیوند پپتیدی نقش داشته که این پیوند نوعی پیوند قوی ( اشتراکی ) بین امینو اسید ها می باشد .
زنجیره پلی پپتیدی ساختاری رشته ای و بدون انشعاب یا بدون شاخه داشته و بخش اپتدای تمام زنجیره های پلی پپتیدی گروه فعال امین ازاد و بخش انتهای ان گروه فعال کربوکسیل قرار دارد. ( توجه کنید امینو اسید اول و اخر در ایجاد یک پیوند پپتیدی نقش دارند)
روش جداسازی و شناسایی امینو اسید های به کار رفته در ساختار پروتئین ها به کمک روش شیمیایی انجام می شود.
تنوع امینو اسید ها در طبیعت از 20 نوع بیشتر بوده اما فقط 20 نوع از انها در ساختار ماده الی پروتئین به کار می رود.
شکل فضایی پروتئین ها ( ساختار سه بعدی ) نوع عمل انها را مشخص کرده و یکی از راه های شناسایی شکل پروتئین ها استفاده از پرتو ایکس می باشد. به کمک تصاویر حاصل از پرتو ایکس و روش های دیگر می توان در ساختار سه بعدی پروتئین ها جایگاه هر اتم را مشخص کرد.
اولین پروتئینی که ساختار سه بعدی ان شناسایی شد مولکول میوگلوبین بوده که این مولکول یک پروتئین سیتوپلاسمی بوده که به کمک ریبوزوم ازاد تولید و در ذخیره اکسیژن نقش دارد.