برای انجام Molecular Docking نرمافزارهای مختلفی توسعه یافتهاند که هر کدام کاربرد و ویژگیهای خاص خود را دارند.
🛠AutoDock & AutoDock Vina:
از پرکاربردترین ابزارهای رایگان برای داکینگ پروتئین–لیگاند با سرعت و دقت مناسب.
🛠PyMOL:
برای مشاهده سهبعدی ساختار پروتئین و تحلیل نتایج داکینگ.
🛠UCSF Chimera / ChimeraX:
آمادهسازی ساختارها، حذف مولکولهای اضافی و بررسی برهمکنشها.
🛠 Discovery Studio Visualizer:
نمایش و تحلیل انواع پیوندها و برهمکنشهای لیگاند با اسیدهای آمینه پروتئین.
🛠Schrödinger Glide:
یک نرمافزار تجاری با دقت بالا که در بسیاری از پروژههای طراحی دارو استفاده میشود.
در یک پروژه داکینگ، معمولاً ساختار پروتئین از Protein Data Bank (PDB) و ساختار لیگاند از پایگاههایی مانند PubChem یا ZINC دریافت و سپس برای تحلیل آمادهسازی میشوند.
#Bioinformatics #MolecularDocking
اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
Bot:@QuickExo_bot
Web:http://Exobiogene.ir
TEL & Ble: @exobiogene
