پژوهشگران در مطالعهای جدید مدلی به نام Corgi معرفی کردهاند که برای پیشبینی عملکرد ژنوم از ترکیب DNA sequence و اطلاعات مربوط به تنظیمکنندههای ترانسعملکننده استفاده میکند.
مدلهای قبلی معمولاً از توالی DNA برای پیشبینی مواردی مانند gene expression، chromatin accessibility و histone modifications استفاده میکردند؛ اما یک محدودیت مهم داشتند: اگر نوع سلول یا شرایط آزمایشی در دادهها وجود نداشت، عملکرد افت میکرد.
در واقع Corgi با ترکیب توالی DNA با expression تنظیمکنندههای ترانس تلاش میکند این مشکل را برطرف کند. این مدل روی مجموعهای از دادههای bulk و single-cell sequencing آموزش داده شده است.
این رویکرد در functional genomics، تفسیر واریانتهای ژنتیکی، طراحی آزمایشهای CRISPR و مطالعه regulatory elements جالب است؛ چون میتوانیم بررسی کنیم که در یک زمینه سلولی مشخص چه عملکردی خواهد داشت.
🔗 منبع
اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
📩 @ExoBioGen
🌐 http://Exobiogene.ir
ble: @exobiogene
📸 exobiogen
