در یک پروژه داکینگ، معمولاً از چند نرمافزار و پایگاه داده در کنار هم استفاده میشود.
🟡ابزارهای پرکاربرد
🧬 AutoDock Vina: یکی از رایجترین نرمافزارهای رایگان برای انجام Molecular Docking.
🧪 PyMOL: مشاهده سهبعدی پروتئین و لیگاند و بررسی محل اتصال.
🌐 RCSB Protein Data Bank (PDB): دریافت ساختار سهبعدی پروتئینها.
⚛️ PubChem: دریافت ساختار شیمیایی لیگاندها و ترکیبات دارویی.
🟠روند کلی یک پروژه داکینگ
1. دریافت ساختار پروتئین از PDB.
2. آمادهسازی پروتئین و لیگاند.
3. اجرای Docking و محاسبه Binding Affinity.
4. بررسی نوع برهمکنشها مانند Hydrogen Bond، Hydrophobic Interaction و سایر اتصالات مولکولی.
📌 یادگیری داکینگ، یکی از مهارتهای پایه در پروژههای Drug Discovery، فارماکولوژی محاسباتی و بیوانفورماتیک ساختاری محسوب میشود.
اگزوبایوژن همراه همیشگی شما🌱
📩 @ExoBioGen
🌐 http://Exobiogene.ir
ble: @exobiogene
📸 exobiogen
